Caracterización genómica de aislados de Escherichia coli Y Klebsiella sp. de cultivos de sangre y orina provenientes de pacientes de un hospital pediatrico en Lima - Perú

Abstract

Objetivo: Caracterizar el genoma de aislados de Escherichia coli y Klebsiella sp. provenientes de cultivos de sangre y orina de pacientes de un hospital pediátrico de Lima, Perú, durante los meses de diciembre 2018 a mayo 2019. Método: Se diseñó un trabajo descriptivo y transversal, colectándo aislados bacterianos de urocultivos y hemocultivos de pacientes de un hospital pediátrico. Se caracterizaron por pruebas bioquímicas y se evaluó la susceptibilidad antibiótica y mecanismos de resistencia por medio de discos de difusión. A través de secuenciamiento de nueva generación (NGS), mediante la tecnología Illumina, se secuenciaron los genomas bacterianos y se analizaron por métodos bioinformáticos para determinar su variedad genética y genes asociados a resistencia antimicrobiana. Resultados: Los antibióticos con mayor resistencia para E. coli fueron amoxicilina (82.4%), ácido nalidíxico(76.5%), tetraciclina y piperacilina (61.8%) y para K. pneumoniae amoxicilina(94.1%), tetraciclina(64.7%), trimetoprim/sulfametoxazol (64.7%) y cefalotina(58.8%). El gen de resistencia más prevalente fue el blaTEM-1 en ambas especies. El ST 131 fue el más común en E. coli y el ST-15 en K. pneumoniae. La asociación más común fue de E. coli ST131, O25:H4 y blaCTX-M-15. Conclusiones: La caracterización del genoma permitió identificar a E. coli como el patógeno más prevalente en las infecciones bacterianas pediátricas, resaltando E. coli ST131, blaCTX-M15 y K. pneumoniae ST15, blaCTX-M-15 como los más prevalentes.